Après le départ de sa meilleure amie Hotaru Imai pour la prestigieuse Académie Alice, une école pour "génies", Mikan Sakura ne supporte pas l'idée de ne plus la revoir et décide alors d'aller la chercher elle-même, après avoir entendu bien des rumeurs affreuses au sujet de cette école. Mais arrivée à Tokyo elle constate avec effroi que les élèves n'ont pas le droit de sortir ni même de voir qui que ce soit, en dehors des individus de l'école. Ainsi pour pouvoir revoir son amie, il faudrait qu'elle possède un Alice, un pouvoir spécial que chaque élève possède, et soit acceptée à l'Académie. Mais lorsqu'elle manque de se faire enlever, un des professeurs de l'école, Narumi, lui vient en aide et lui découvre un Alice unique. Ainsi, il arrange son admission.

Mais elle découvrira bien vite que l'Académie a une face cachée dont certains élèves font malheureusement les frais comme un certain Hyuuga Natsume...