Dahulu kala, 2.000 tahun yang lalu Kerajaan Kouka didirikan dan diperintah oleh seekor naga merah yang turun ke Bumi dari Surga berubah menjadi manusia dengan nama Hiryuu. Di sisinya, empat prajurit yang dijiwai dengan darah naga dari para Dewa yang membantunya memimpin kerajaan menuju kemakmuran. Waktu berlalu, dan kisah ini menjadi legenda untuk diceritakan kepada anak-anak.

2.000 tahun kemudian, kerajaan tidak memiliki ahli waris laki-laki kecuali seorang putri tunggal bernama Yona yang hidup dalam kemewahan. Jatuh cinta dengan sepupunya, Soo-Won , dan dilindungi oleh pengawalnya, Son Hak , dia memiliki semua yang dia inginkan dan terlindung dari kenyataan mengerikan di luar tembok kastil. Bertentangan dengan ilusi damai ini, Kouka mengalami pergolakan politik dari dalam kerajaan. Setelah Su-won yang dicintainya melakukan kudeta berdarah dan membunuh ayahnya, Yona terpaksa melarikan diri hanya dengan Hak di sisinya dan mulai menjalani kehidupan dalam pelarian.

Meskipun dikelilingi oleh musuh di semua sisi, putri yang dibuang itu masih ingin menyelamatkan kerajaannya. Solusinya datang dari seorang pendeta yang diasingkan, yang mengatakan kepadanya bahwa satu-satunya harapannya adalah menemukan empat prajurit naga legendaris. Dipandu oleh mitos yang tampaknya fiktif ini, Yona berangkat untuk menemukan para pejuang ini, bertekad untuk memperjuangkan tahta, dan memulihkan kerajaan sambil menjalin pertemanan dan sekutu baru di sepanjang jalan.