A történet egy hétköznapi japán településen játszódik, Fuyuki Városban. A lakosok tudta nélkül egy titkos, halálos háború dúl a városban. Hét, "Mesternek" hívott Mágus erőteljes kísérő szellemeket, más néven "Szolgákat" idéz meg, hogy élet-halál harcok során végül csak egy maradhasson. Csakis az utolsó túlélő szerezheti meg a Szent Grált, ami bármilyen kívánságot képes teljesíteni. Mindössze alig néhányan ismerik ennek a Háborúnak a kezdetét, és hogy mi is valójában a Szent Grál, viszont a háború idén ismét kezdetét veszi.
A főszereplő Emiya Shirou, aki egy tűzvész során elveszítette a szüleit, majd örökbe fogadta őt egy magát mágusnak hívó férfi. Csodálva nevelőapját, elhatározta, hogy ő is mágussá válik, viszont semmi tehetsége nem volt és még egy varázslatot is alig tudott használni. A nevelőapja már elhunyt, mára pedig a fiú egy képességek és tudás nélküli mágusként éli az életét. Shirou élete lényeges fordulatot vesz, mikor belecsöppen a Szent Grál Háborúba és véletlen megidézi Sabert, a legerősebbnek tartott szolgát...